De ældste dele går tilbage til 1400-tallet, hvor et tidligt pulpitur blev opført. I 1554 blev orglet ombygget af den nederlandske orgelbygger Herman Raphaëlis Rottensten-Pock, som gav instrumentet dets renæssancepræg. Senere fulgte en omfattende barok ombygning i 1654, og i 1988–91 blev orglet restaureret med forsøg på at genskabe 1600-talsudtrykket.

Orglet rummer derfor lag fra flere epoker, og det er netop dette, der gør det unikt: middelalderlig struktur, renæssancens klangidealer og barokkens fylde i ét instrument.

Efter Reformationen i 1536 ændrede kirkemusikken karakter. Hvor musikken tidligere var forbeholdt præster og latin, blev den nu en del af menighedens gudstjeneste, og salmesangen på dansk blev central.

I dag bruges orglet stadig ved gudstjenester og koncerter og regnes som et af domkirkens vigtigste levende instrumenter.

Det mest kendte billede viser Christian 4. »ved højen mast« ombord på skibet Trefoldigheden under slaget ved Kolberger Heide den 1. juli 1644. Under slaget blev kongen tilsyneladende dødeligt såret og styrtede om på dækket. Kort efter rejste han sig igen, stoppede blodet fra sit knuste øje med et lommetørklæde og holdt en kort tale til besætningen, som fik panikken til at lægge sig. 

Ifølge overleveringen var den bestemt til Gdansk (Danzig), men da skibet passerede Helsingør og skulle betale Sundtold, blev tavlens værdi sat meget lavt. Tolderne kunne derfor opkøbe den til den angivne pris. Historien er dog sandsynligvis ikke sand. Det er mere sandsynligt, at tavlen først blev skænket til en anden kirke og senere kom til Roskilde Domkirke. 

Altertavlen er et fløjalter med to bevægelige fløje, som tidligere kun blev åbnet i påsken. I dag er den åben det meste af året, men lukket ved påske for at kunne åbnes Påskedag.  

Omkring 1970 blev altertavlen restaureret og fremstår i dag med sine oprindelige farver som et fornemt eksempel på nederlandsk renæssancekunst. I forbindelse med restaureringen blev der udført et nyt altertæppe af væversken Anna Thommesen. I 1975 indledte Dronning Margrethe og Dronning Ingrid et samarbejde om et nyt antependium til domkirken. Det blev første gang brugt ved Dronning Ingrids begravelse i 2000. I dag opsættes det ved særlige lejligheder. 

Den højeste person er Christian 1., der var kendt i sin samtid som en kæmpekonge med 219,5 cm på søjlen. Det var Frederik 2., der i 1581 fik målt sin oldefar Christian 1. (død 1481) til 219,5 cm. Men i 1847 blev Christian 1. kiste åbnet igen og skelettet målt. Han var kun 185 cm! Men det er stadig lidt højere end gennemsnittet dengang og væsentligt højere end dronning Dorothea der var 140 cm. Også zar Peter den Store og mange europæiske fyrster er registreret.

Søjlen fungerer i dag som en slags levende historisk dokument over besøg i Danmark gennem flere århundreder.